Het hele concept van de micro-onderzeeër, dat gericht was op zeer geheime operaties, leidde tot mythevorming rond dit scheepstype en tot overschatting van het gevaar dat zij voor de vijand vormden. De vloten van alle belangrijke asmogendheden zetten zulke onderzeeërs in. Maar de sporadische successen wogen niet op tegen de aanzienlijke investeringen die in het ontwerpen en bouwen gedaan moesten worden. De wijze van inzetten varieerde van vloot tot vloot.
Italiaanse CB
Evenals de Britten zagen de Italianen micro-onderzeeërs als middel om doelen op lastig bereikbare ankerplaatsen aan te vallen, of als vervoermiddel voor specialistische duikteams. Als de Britse X-klasse als maatstaf gebruikt mag worden, leken die veel op de meestgebruikte Italiaanse type, de vierpersoons CB. Verschillende van deze vaartuigen werden in 1942 over land naar de Zwarte Zee vervoerd tijdens de blokkade van de sovjetmarinebasis Sebastopol door de asmogendheden. Ze maakten twee sovjet-onderzeeërs onschadelijk, maar verder zijn geen wapenfeiten opgetekend.
De kleinere 10 m. lange CA kon torpedo's meevoeren of duikers, afhankelijk van het type. Er werden prototypen gebouwd van veel grotere CC en CM typen met een lengte van 33 m., maar deze werden noit in productie genomen.
De Japanners hadden meer ambitieuze plannen met micro-onderzeeërs. Deze moesten meegevoerd worden door oppervlakteschepen of grote onderzeeboten, en zouden tijdens vlootacties uitgezet worden. Bij de snelheden waarmee oppervlakteschepen voeren en de te overbruggen afstanden bleek dit idee al spoedig onbruikbaar. De kleine onderzeeërs werden nu bestemd voor speciale aanvalstaken en verdediging bij vijandelijke landingen. Er werden er ongeveer 400 gebouwd naar verschillende ontwerpen, maar alleen de 24 m. lange Ko-gata (Type A) werd werkelijk ingezet. Hun debuut bij de aanval op Pearl Harbour was niet erg veelbelovend. In 1941 had de Keizerlijke Jpanse marine meer dan veertig van deze 46-ton metende tweemans micro-onderzeeërs. De vijf die bij de aanval op Pearl Harbour werden ingezet, gingen verloren.
Japanse Ko-Hyoteki
Zes maanden later echter, na de bezetting van Madagascar door de Britten, verkende een Japans watervliegtuig de posities van Britse marine-eenheden. Ondanks deze waarschuwing werden het slagschip HMS Ramillies en een tanker getorpedeerd in 'veilig' water voor de kust van Diégo Suarez. Het slagschip zonk niet maar werd flink beschadigd. De aanval was uitgevoerd door Type As micro-onderzeeërs die, net als het watervliegtuig, door drie Japanse onderzeeërs waren meegenomen. Deze goed gecoördineerde operatie werd een dag later gevolgd door een onsuccesvolle aanval op de haven van Sydney. De 25 m. lange en 50 ton metende driepersoons Hei-gata (Type C) werd ook samen met het Type A ingezet tijdens campagnes op de Filippijnen, maar had daar weinig succes.
Toen de krijgskansen keerden begonnen de Japanners met de productie van een zelfmoordtorpedo, de Kaiten. Deze zouden in grote getale gebruikt worden, gelanceerd door onderzeeërs en vanaf oppervlakteschepen. Gelukkig was de stuurinrichting van deze wapens even dubieus als de motivatie van de zelfmoordcommando's. De Japanners beschikten daarnaast over de 17 m. lange en 19 ton metende tweepersoons Kairyu (zeedraak) en de grotere en snellere 26,2 m. lange en 60 ton metende twee- of vijfpersoons Koryu (geschubde draak). Deze hadden springladingen in de boeg of voerden torpedo's mee.
Duitsland bouwde een grote verscheidenheid aan micro-onderzeeërs met torpedo's die bedoeld waren voor het bestrijden van amfibische landingsvloten. De Neger en de Marder hadden elk één 533-mm torpedo, en de Biber twee. De eenpersoons Biber, die een waterverplaatsing van slechts 6,5 ton had, kon bij een snelheid van 6 knopen 240 km ver komen. De beneden uitstulpende romp bood ook nog plaats aan twee mijnen. De boeg was voorzien van een trekoog. Daaraan kon het vaartuig tot vlakbij zijn inzetgebied gesleept worden.
Duitse Biber
Het ontwerp van de Biber deugde niet. De koolmonoxide van de benzinemotor kon de bestuurder doen stikken. Het type werd in 1944 ingezet in de Scheldemonding om geallieerde scheepvaart te bestoken. Ze werden in flinke aantallen gebouwd en werden over land vervoerd. Ze werden ook ingezet bij Anzio en in Normandië, maar werden geconfronteerd met talrijke, agressieve en capabele escorteschepen. Veel Bibers gingen dan ook verloren.
Meer potentieel hadden de echte onderzeeërs van de Type XXVIIA Hecht en Type XXVIIB Seehund klassen. Deze waren respectievelijk 10,5 en 12 m. lang. De tweepersoons Seehund had een waterverplaatsing van 15 ton, werd voortgestuwd door een dieselmotor die het vaartuig een snelheid gaf van 6 à 7 knopen. Het type was bewapend met twee torpedo's en had een bereik van 560 km. De Seehund kwam in 1944 in dienst en werd ingezet in het Kanaal, in de Theemsmonding en in de Westerschelde. De actieradius was groot genoeg om de Britse oostkust te bereiken maar deze vaartuigen konden weinig méér uitrichten dan een of twee verouderde koopvaardijschepen naar de kelder te jagen. De geallieerde onderzeebootbestrijding was effectief en beperkte de dreiging die van deze vaartuigen uitging. Met de bevrijding van de Franse en Belgische kust viel die dreiging geheel weg.
De 10 m. lange en 11 ton metende Molch (watersalamander) beschikte ook over twee torpedo's en werd gebruikt om geallieerde schepen aan te vallen voor de kust van Normandië, kort na D-Day. Dit type werd ook in de Westerschelde ingezet.